清華大學人文社會學院「世界南島暨原住民族中心」成立目的在於增加本校在世界南島暨原住民族研究領域的能見度，整合校內在該領域的教學資源，提供一個窗口;提供本校學生一個學習及資訊交流的環境，並做為跨校以及國際研究合作之平台。台灣南島語族由於特殊的殖民史，一直鮮少為外界所認識，因而南島台灣研究也就長期被學術區域研究所邊緣化，如有地理位置上親源關係的「亞洲研究」或具語言學上，基因學上乃至於文化上親緣性的 「太平洋島嶼研究」。晚近在考古學與語言學上對於南島原鄉以及南島語族擴散的爭論確實有助於台灣南島語族在較廣大的學術社群中的可見度。 本中心希望能集結對世界南島以及台灣原住民族有興趣的學者及學生將既有的基礎置於較廣的大洋洲與東南亞區域研究來對話，並凸顯台灣在該領域的重要性

2015年秋季經過一學期的努力於籌備會議達成共識先行設立中心籌備處進行內部謀和於是虛擬籌備處成立於2016年一月一日。經過一年的討論與推動，中心於2016年12月20日在校發會議審議通過後正式成立。